Сериал "Бабочка" рассказывает историю Дэвида Чона. Он давно оставил прошлое разведчика позади и пытается жить тихой жизнью в Южной Корее, но тени старой службы его не отпускают. Когда тайная организация решает устранить бывшего агента, они отправляют на задание своего лучшего специалиста.

Ирония судьбы оказывается жестокой. Этим специалистом становится Ребекка, молодая женщина, выросшая с уверенностью, что её отец погиб. Теперь ей предстоит столкнуться с человеком, чьё лицо она видела лишь на старых фотографиях, но уже не как с родственником, а как с целью.

Их встреча запускает цепь событий, где личные драмы переплетаются с профессиональным долгом. Сериал исследует, что сильнее — годы лжи и приказы системы или кровные узы и попытка понять друг друга. Каждому из героев придётся сделать выбор, последствия которого изменят всё.